Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 CCT5-201ENST00000280326 3675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.59□□□□□ -1.032e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-204ENST00000503454 762 ntTSL 38.13□□□□□ -1.112e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 PLD1-213ENST00000481505 491 ntTSL 47.55□□□□□ -1.22e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NEMF-209ENST00000556074 3047 ntTSL 1 (best)7.41□□□□□ -1.222e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NEMF-208ENST00000555970 3029 ntTSL 27.36□□□□□ -1.232e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 REPIN1-212ENST00000487455 464 ntTSL 47.35□□□□□ -1.232e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-219ENST00000514613 2523 ntTSL 27.31□□□□□ -1.242e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 KIF2C-206ENST00000472235 480 ntTSL 27.28□□□□□ -1.242e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-209ENST00000510283 4949 ntTSL 2 BASIC7.23□□□□□ -1.252e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-202ENST00000423695 1232 ntTSL 27.09□□□□□ -1.272e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NEMF-201ENST00000298310 6234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.09□□□□□ -1.272e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TCP1-212ENST00000539948 706 ntTSL 36.84□□□□□ -1.312e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DDI2-203ENST00000483899 497 ntTSL 36.79□□□□□ -1.322e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DNAJC7-207ENST00000586335 579 ntTSL 36.68□□□□□ -1.342e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TCP1-205ENST00000536394 535 ntTSL 46.65□□□□□ -1.342e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 SPAG9-204ENST00000505173 2369 ntTSL 56.51□□□□□ -1.372e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CNOT1-218ENST00000569732 906 ntTSL 36.51□□□□□ -1.372e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NEMF-206ENST00000555411 573 ntTSL 46.5□□□□□ -1.372e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ZNF512-205ENST00000461705 554 ntTSL 26.09□□□□□ -1.432e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-211ENST00000512975 578 ntTSL 45.82□□□□□ -1.482e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 PRPF40A-206ENST00000471167 333 ntTSL 25.53□□□□□ -1.522e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 KIF2C-203ENST00000423289 320 ntTSL 55.52□□□□□ -1.532e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ZNF512-207ENST00000494548 505 ntTSL 25.3□□□□□ -1.562e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CNOT1-203ENST00000562046 578 ntTSL 55.12□□□□□ -1.592e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 LDLR-209ENST00000558528 456 ntTSL 24.98□□□□□ -1.612e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 NEMF-211ENST00000556691 2062 ntTSL 24.3□□□□□ -1.722e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 DNAJC7-220ENST00000590847 441 ntTSL 23.83□□□□□ -1.82e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 CCT5-215ENST00000625723 135 ntTSL 5 BASIC3.8□□□□□ -1.82e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 PRPF40A-207ENST00000471701 293 ntTSL 23.74□□□□□ -1.812e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 TCP1-216ENST00000545764 709 ntTSL 23.43□□□□□ -1.862e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-210ENST00000417080 2113 ntTSL 1 (best)11.9□□□□□ -0.59e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-219ENST00000456655 1861 ntTSL 1 (best)10.07□□□□□ -0.89e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-209ENST00000415955 1896 ntTSL 1 (best)9.11□□□□□ -0.959e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-206ENST00000409635 2109 ntTSL 5 BASIC8.87□□□□□ -0.999e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-203ENST00000392544 1919 ntTSL 1 (best) BASIC8.11□□□□□ -1.119e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-214ENST00000429579 2081 ntTSL 1 (best)7.67□□□□□ -1.189e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-213ENST00000428760 1989 ntTSL 1 (best)7.09□□□□□ -1.279e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-211ENST00000421438 1966 ntTSL 1 (best)6.51□□□□□ -1.379e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-212ENST00000426833 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.36□□□□□ -1.399e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-215ENST00000435004 1115 ntTSL 56.27□□□□□ -1.419e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-202ENST00000345739 4079 ntTSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.439e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-201ENST00000264110 4176 ntTSL 1 (best) BASIC6.02□□□□□ -1.459e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-205ENST00000409499 801 ntTSL 1 (best) BASIC5.5□□□□□ -1.539e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-221ENST00000538946 1325 ntTSL 5 BASIC4.34□□□□□ -1.719e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-220ENST00000478905 697 ntTSL 33.79□□□□□ -1.89e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ATF2-204ENST00000409437 3697 ntTSL 5 BASIC3.12□□□□□ -1.919e-8■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 PSMD3-205ENST00000580980 580 ntTSL 211.08□□□□□ -0.642e-6■□□□□ 9.2
SF3A3Q12874 ARHGEF40-204ENST00000555038 1796 ntTSL 1 (best)21.97■■□□□ 1.112e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.092e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.672e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.552e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.482e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 FRAS1-204ENST00000508909 2297 ntTSL 217.2■□□□□ 0.342e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 ABCD3-204ENST00000468860 661 ntTSL 315.94■□□□□ 0.142e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-214ENST00000488723 708 ntTSL 315.69■□□□□ 0.12e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SEC23A-201ENST00000307712 4135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -02e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SESN2-201ENST00000253063 3453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.66□□□□□ -0.062e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-241ENST00000641686 4991 ntAPPRIS P1 BASIC14.58□□□□□ -0.082e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 STK24-205ENST00000444574 1590 ntTSL 1 (best)14.17□□□□□ -0.142e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-201ENST00000349511 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.172e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-211ENST00000477105 979 ntTSL 513.94□□□□□ -0.182e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 POLR2A-208ENST00000576952 532 ntTSL 213.77□□□□□ -0.212e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 STK24-201ENST00000376547 2492 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.67□□□□□ -0.222e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-202ENST00000361055 2154 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.11□□□□□ -0.312e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-208ENST00000515130 3314 ntTSL 513.05□□□□□ -0.322e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-203ENST00000415609 2004 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.332e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-207ENST00000465108 804 ntTSL 212.87□□□□□ -0.352e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-209ENST00000466763 622 ntTSL 212.87□□□□□ -0.352e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CDK5RAP1-206ENST00000461356 758 ntTSL 212.5□□□□□ -0.412e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SGK1-226ENST00000531782 580 ntTSL 212.35□□□□□ -0.432e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SEC23A-212ENST00000556092 571 ntTSL 412.12□□□□□ -0.472e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 STK24-202ENST00000376554 3602 ntTSL 512.06□□□□□ -0.482e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 STK24-208ENST00000539966 9361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.95□□□□□ -0.52e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 PRPF38B-201ENST00000370021 3728 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.53e-7■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 LUC7L-216ENST00000469109 950 ntTSL 1 (best)11.63□□□□□ -0.557e-11■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CDC27-217ENST00000575483 781 ntTSL 511.63□□□□□ -0.552e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CDC27-209ENST00000532893 515 ntTSL 311.62□□□□□ -0.552e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 LUC7L-203ENST00000397780 1335 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.577e-11■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-205ENST00000461934 1224 ntTSL 211.33□□□□□ -0.62e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-210ENST00000485424 652 ntTSL 211.33□□□□□ -0.62e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-254ENST00000641882 1792 nt11.07□□□□□ -0.642e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 ABCD3-201ENST00000315713 884 ntTSL 1 (best) BASIC11.01□□□□□ -0.652e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 PRPF38B-203ENST00000370025 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11□□□□□ -0.653e-7■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CARS2-233ENST00000620794 668 ntTSL 310.93□□□□□ -0.662e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 FRAS1-201ENST00000325942 7142 ntTSL 1 (best) BASIC10.79□□□□□ -0.682e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-206ENST00000509826 1720 ntTSL 210.73□□□□□ -0.692e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-211ENST00000493957 581 ntTSL 310.67□□□□□ -0.72e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-257ENST00000642012 1711 nt10.61□□□□□ -0.712e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 TNFRSF19-201ENST00000248484 3276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.49□□□□□ -0.732e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 SGK1-213ENST00000477460 1896 ntTSL 210.42□□□□□ -0.742e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-212ENST00000630585 390 ntTSL 4 BASIC10.32□□□□□ -0.762e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 ZNFX1-204ENST00000396105 7371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.31□□□□□ -0.762e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 FRAS1-206ENST00000510944 2125 ntTSL 210.23□□□□□ -0.772e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CDC27-206ENST00000528748 859 ntTSL 310.23□□□□□ -0.772e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 CARS2-221ENST00000540215 630 ntTSL 39.88□□□□□ -0.832e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-259ENST00000642042 2303 ntBASIC9.84□□□□□ -0.832e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 IRX3-202ENST00000558054 444 ntTSL 28.8□□□□□ -12e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 TNFRSF19-204ENST00000403372 4277 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC8.7□□□□□ -1.022e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 MFSD8-218ENST00000641186 4448 ntBASIC8.59□□□□□ -1.032e-6■□□□□ 9.1
SF3A3Q12874 UBA3-208ENST00000465627 1388 ntTSL 28.55□□□□□ -1.042e-6■□□□□ 9.1
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