Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TMEM263-201ENST00000280756 3362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 VIPAS39-208ENST00000556412 1832 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MAPK12-203ENST00000395780 1459 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SARS-202ENST00000369923 1882 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 C7orf57-201ENST00000348904 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RHOG-201ENST00000351018 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PDXDC2P-206ENST00000534700 1315 ntBASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 OLFML3-203ENST00000393300 1961 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PLEKHB2-206ENST00000409612 2210 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PRC1-204ENST00000442656 2060 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 GUCY1B2-205ENST00000532104 1912 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CST1-201ENST00000304749 760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CCL19-201ENST00000311925 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RPP40-203ENST00000464646 1042 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HINT1-205ENST00000508488 703 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC011444.1-201ENST00000587836 639 ntTSL 3 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HPX-213ENST00000615166 826 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PCNA-202ENST00000379160 1359 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SC5D-201ENST00000264027 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PGRMC1-201ENST00000217971 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 DDC-AS1-201ENST00000454521 1776 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HNRNPA1-201ENST00000330752 1294 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MT1H-201ENST00000332374 397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC004837.1-201ENST00000446267 564 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CSAG1-204ENST00000452779 627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 GRPEL2P1-201ENST00000453145 339 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SOX2-OT-208ENST00000477928 902 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 KRT8P2-201ENST00000556193 944 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC011921.1-201ENST00000559739 557 ntTSL 4 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AC145207.8-201ENST00000580897 563 ntTSL 4 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 GAS7-216ENST00000583882 553 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AP005264.5-201ENST00000590066 467 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 NAMA-206ENST00000605377 509 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ADAMTS16-201ENST00000274181 4979 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TAF6-201ENST00000344095 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 ATAT1-206ENST00000376485 1476 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FCHSD2-204ENST00000409418 3154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AGAP9-201ENST00000452145 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SHMT2-203ENST00000449049 2121 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CDK11A-201ENST00000356200 2653 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HOXA3-201ENST00000317201 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 HERPUD1-203ENST00000379792 1782 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 AL590824.1-201ENST00000403828 1349 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 RIOK3-207ENST00000581585 1966 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
TRIM28Q13263 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
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