Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GOLGA8UP-201ENST00000527159 1755 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 NECTIN1-201ENST00000264025 5840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CHRNA1-203ENST00000409219 1466 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LAIR1-209ENST00000434277 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HLA-DPA1-242ENST00000419277 1704 ntAPPRIS P2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 RNPS1-216ENST00000565678 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MAGEA4-202ENST00000360243 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MAGEA4-203ENST00000370335 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MAGEA4-204ENST00000370340 1773 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 APOA1-203ENST00000375320 940 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC004889.1-205ENST00000493248 531 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 OR2A1-AS1-210ENST00000496968 531 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC020659.1-202ENST00000564432 531 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SHBG-210ENST00000572262 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LINC01569-203ENST00000573268 694 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AL031673.1-201ENST00000611460 466 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ANO10-202ENST00000350459 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SDF2-201ENST00000247020 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 ZNF556-202ENST00000586426 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC015909.5-201ENST00000624336 2266 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SLCO2B1-203ENST00000428359 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MAN1A1-201ENST00000368468 5014 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LOXHD1-203ENST00000398686 1958 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 KRT17P4-201ENST00000429445 819 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC022858.1-202ENST00000521084 393 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AP003068.3-201ENST00000527789 175 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AP003390.1-201ENST00000533253 523 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 SNRPF-204ENST00000552085 815 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 TUBB3-208ENST00000555576 572 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 LINC02285-201ENST00000557121 943 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC012073.1-201ENST00000606114 1108 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PLEKHG5-201ENST00000340850 4715 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PLEKHG5-211ENST00000535355 4725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 MSRA-201ENST00000317173 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 METTL7B-201ENST00000394252 1506 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 PPP1R1B-203ENST00000394267 1504 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCOF1Q13428 AL139158.3-201ENST00000641212 1562 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 TXNDC9-201ENST00000264255 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 HIST1H1D-201ENST00000244534 666 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 PPIA-201ENST00000355968 818 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 CUTA-203ENST00000374500 937 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SKA1-202ENST00000398452 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 OR52M2P-201ENST00000414298 959 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 PPIA-208ENST00000489459 907 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AC134312.2-201ENST00000563521 608 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 TXNDC17-208ENST00000574838 746 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 PPIA-210ENST00000620047 827 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 LINC00244-201ENST00000625073 613 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 BIN3-202ENST00000399977 1340 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 MSANTD2P1-201ENST00000445341 1368 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 MUTYH-210ENST00000450313 1929 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SLC20A2-207ENST00000520179 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 AL512625.1-201ENST00000305709 2541 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCOF1Q13428 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
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