Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 LINC01229-201ENST00000561510 1494 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ZNF576-203ENST00000525771 2327 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CTNND2-202ENST00000458100 1962 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PDE6G-201ENST00000331056 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 IGF2-201ENST00000381389 1023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SYNGR1-204ENST00000381535 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AL583805.1-201ENST00000391389 531 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 GSTP1-201ENST00000398603 700 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AP000356.1-201ENST00000438893 364 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MAGEA5-201ENST00000446757 942 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NDUFS6P1-201ENST00000485187 316 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PPFIBP1-204ENST00000535047 875 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LGALS3-204ENST00000554715 916 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PPCDC-205ENST00000563393 1149 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PPCDC-208ENST00000567336 892 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC099811.3-201ENST00000586351 425 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC008743.1-201ENST00000596350 813 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PGPEP1-206ENST00000597431 545 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 Metazoa_SRP.69-201ENST00000615730 281 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 OSBPL5-202ENST00000348039 2798 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 KRT8P31-201ENST00000504812 1408 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 GATB-201ENST00000263985 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ADK-205ENST00000539909 1866 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ZSCAN5A-206ENST00000587492 1542 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC090505.1-201ENST00000430515 1834 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NBPF3-205ENST00000454000 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AL031282.2-201ENST00000598846 5079 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 KRT17P5-201ENST00000332088 839 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 WARS-203ENST00000358655 2466 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PPDPF-202ENST00000370179 868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PLPPR1-201ENST00000374874 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NACA-202ENST00000393891 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 OR8T1P-201ENST00000421347 918 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NAGK-204ENST00000443872 878 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 Z82198.1-201ENST00000447396 437 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TMEM218-205ENST00000527271 706 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TP53AIP1-205ENST00000531399 806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NDUFC1-209ENST00000539002 1198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NDUFC1-211ENST00000544855 1257 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ERVK13-1-204ENST00000566343 567 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC079336.4-201ENST00000584219 408 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FBXL12-202ENST00000585379 956 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC105105.3-201ENST00000585470 646 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 OR6A2-201ENST00000332601 1373 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
SOX4Q06945 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms