Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RGR-203ENST00000372092 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC006372.2-201ENST00000433660 292 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NSD2-209ENST00000436793 835 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RPL3P5-201ENST00000441645 1232 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TIMP1-205ENST00000456754 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 KRT8P2-201ENST00000556193 944 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 EMC4-208ENST00000559078 599 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TPM1-220ENST00000559556 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 COX5A-205ENST00000568517 582 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC006547.3-201ENST00000600090 583 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AP000769.1-203ENST00000637245 208 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TPM4-202ENST00000344824 1417 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CD74-202ENST00000353334 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PPT1-205ENST00000449045 1957 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 C8orf49-201ENST00000525043 1968 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ADI1-201ENST00000327435 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TDRD6-203ENST00000544460 8887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NIT1-204ENST00000392190 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PDYN-AS1-201ENST00000446562 1802 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TMEM95-202ENST00000389982 1191 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 BAX-205ENST00000391871 687 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GSTT2-201ENST00000402588 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 HTATIP2-202ENST00000421577 886 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MIATNB-206ENST00000444388 918 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC106869.1-201ENST00000448713 577 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PAQR9-AS1-203ENST00000497652 516 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC108474.1-201ENST00000507776 421 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 LINC02435-201ENST00000508291 584 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 NUDCD2-202ENST00000517501 448 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 CASP3-205ENST00000517513 964 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AP000866.5-201ENST00000531241 445 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 AC108471.2-201ENST00000533736 1061 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 GAS7-216ENST00000583882 553 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 APOC1-209ENST00000592885 562 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 SELENOW-212ENST00000601048 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ANXA8L1-206ENST00000619162 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 IQSEC2-207ENST00000638583 722 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ZNF174-201ENST00000268655 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
COL6A1P12109 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.6 ms