Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CSRP1-202ENST00000367306 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RN7SL832P-201ENST00000607781 1756 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RLIM-202ENST00000349225 3478 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NLRP13-201ENST00000342929 3132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP23P1-201ENST00000562773 1937 ntBASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MIRLET7BHG-201ENST00000360737 4560 ntTSL 2 BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.86□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LIMD2-201ENST00000259006 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 EID3-201ENST00000527879 1467 ntAPPRIS P1 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GPR61-204ENST00000527748 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 BTRC-203ENST00000393441 6084 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TIAM1-201ENST00000286827 7200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TINF2-215ENST00000626689 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 HK2-201ENST00000290573 5772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NLRC3-202ENST00000359128 6401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SLX4-201ENST00000294008 7307 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SC5D-202ENST00000392789 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PDLIM2-201ENST00000265810 4592 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AL589669.1-201ENST00000639829 1506 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 APOA1-201ENST00000236850 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TPTE2P2-205ENST00000606711 505 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SLC25A21-AS1-201ENST00000556667 1924 ntBASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MRC2-202ENST00000446119 3201 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 UBA1-202ENST00000377269 2497 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SDCBP2-AS1-201ENST00000446423 1811 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 C9orf47-203ENST00000375851 4837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GPRASP1-202ENST00000415986 5877 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 PRSS30P-201ENST00000390681 2881 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MIIP-201ENST00000235332 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TMEM47-201ENST00000275954 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ABCG1-201ENST00000343687 3037 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MAGED4B-202ENST00000360134 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 CIITA-213ENST00000618327 4657 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC12.85□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 EPHB3-201ENST00000330394 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 MKRN3-201ENST00000314520 2337 ntAPPRIS P1 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 COL9A2-202ENST00000372748 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TOR1AIP1-201ENST00000271583 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 SLC25A3-217ENST00000552981 1351 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LPCAT2-201ENST00000262134 5391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LINC01648-201ENST00000445180 1519 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 WDR24-201ENST00000248142 2763 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 GAP43-201ENST00000305124 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 EPB41L5-205ENST00000452780 6410 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AL356585.2-201ENST00000625078 2396 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 BAIAP2-220ENST00000575712 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC12.84□□□□□ -0.35
CCDC54Q8NEL0 AC064807.1-203ENST00000520357 575 ntTSL 5 BASIC12.84□□□□□ -0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms