Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AL162632.1-201ENST00000546784 548 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LINC02285-201ENST00000557121 943 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC068831.5-201ENST00000557387 328 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MIR6816-201ENST00000620368 66 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ARMC8-213ENST00000470821 1656 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC005906.2-205ENST00000640862 1522 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CCL5-201ENST00000603197 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DNMT3L-204ENST00000628202 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MAGI1-202ENST00000402939 4389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MBD1-225ENST00000591535 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 EFHD1-207ENST00000611312 1490 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 POMK-201ENST00000331373 1865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MRPL55-205ENST00000366731 1423 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KIFC3-206ENST00000541240 3047 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TRAPPC3-201ENST00000373159 590 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TPRKB-203ENST00000409716 816 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LINC01523-201ENST00000425385 450 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PRKAR2A-AS1-203ENST00000431705 592 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AL391415.1-201ENST00000439844 400 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AL512622.1-202ENST00000443922 478 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BPIFB5P-201ENST00000457066 1099 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MRPL43-211ENST00000477279 903 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 S100A2-205ENST00000487430 752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MRPS36-204ENST00000512880 1200 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC090136.2-201ENST00000517809 420 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 IMMP1L-202ENST00000526776 469 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 YPEL4-209ENST00000534711 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LINC01500-204ENST00000556815 752 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC016266.1-201ENST00000557558 729 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FAM192A-218ENST00000567439 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MRPS36-205ENST00000602380 1200 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AL133467.4-201ENST00000602953 725 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC008972.2-201ENST00000606587 494 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TP53-221ENST00000615910 1149 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 GTF3C2-214ENST00000622534 1858 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MC5R-201ENST00000324750 1319 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SLC50A1-203ENST00000368404 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 NIFK-AS1-203ENST00000419902 1316 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 DHRS7-209ENST00000557185 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 TSPAN3-205ENST00000558745 1340 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RNF167-201ENST00000262482 1915 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PPM1L-201ENST00000295839 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 SNRPC-201ENST00000244520 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CSAG1-203ENST00000370291 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 PRELID3B-202ENST00000371033 943 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AIF1L-205ENST00000372301 671 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 KCNE1-203ENST00000399286 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AF274858.1-201ENST00000406288 372 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 VENTXP4-201ENST00000449029 958 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AL451000.1-201ENST00000451300 1186 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 CSAG1-204ENST00000452779 627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC011383.1-201ENST00000517474 617 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 NAA40-205ENST00000539656 577 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC092862.1-201ENST00000541534 533 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
COL6A1P12109 AC013553.1-201ENST00000560906 267 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.6 ms