Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
HLA-CQ95604 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
HLA-CQ95604 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-CQ95604 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-CQ95604 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-CQ95604 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-CQ95604 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-CQ95604 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-CQ95604 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
HLA-CQ95604 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms