Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
COL7A1Q02388 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
COL7A1Q02388 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms