Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BDNFP23560 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BDNFP23560 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BDNFP23560 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BDNFP23560 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BDNFP23560 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
BDNFP23560 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
BDNFP23560 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
BDNFP23560 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
BDNFP23560 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
BDNFP23560 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
BDNFP23560 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
BDNFP23560 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BDNFP23560 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BDNFP23560 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
BDNFP23560 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
BDNFP23560 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
BDNFP23560 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
BDNFP23560 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BDNFP23560 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
BDNFP23560 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BDNFP23560 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BDNFP23560 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
BDNFP23560 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
BDNFP23560 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
BDNFP23560 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
BDNFP23560 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
BDNFP23560 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
BDNFP23560 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
BDNFP23560 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
BDNFP23560 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
BDNFP23560 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
BDNFP23560 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms