Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SLC37A4-201ENST00000330775 2102 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ACVR1C-204ENST00000409680 1786 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SGCA-201ENST00000262018 1432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 GOT2-202ENST00000434819 1615 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC019109.1-201ENST00000401725 1874 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 GOLGA8K-202ENST00000512626 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 GOLGA8T-202ENST00000569052 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 FXYD3-208ENST00000604404 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RASGRP1-204ENST00000539159 5021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LIMS1-201ENST00000332345 1235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RNVU1-8-201ENST00000364272 125 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 KRTAP2-2-201ENST00000398477 733 ntAPPRIS P2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC006987.1-201ENST00000413610 527 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AL354861.1-201ENST00000445213 355 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AL121845.1-201ENST00000447343 464 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SCARNA12-201ENST00000459155 270 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC024293.1-201ENST00000467930 498 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CHCHD2P2-201ENST00000503744 321 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AL691482.3-201ENST00000504773 987 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC105390.1-201ENST00000511330 560 ntTSL 4 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC027139.1-201ENST00000565286 951 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DIRAS3-201ENST00000370981 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SIAE-206ENST00000618733 1980 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SPRY1-208ENST00000622283 2352 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CHRNA1-204ENST00000409323 1585 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CDK3-201ENST00000425876 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SEC61B-201ENST00000223641 545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 RN7SL396P-201ENST00000471086 295 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SEC61B-203ENST00000498603 587 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC087269.1-202ENST00000519147 400 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC068867.1-201ENST00000559855 150 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC023421.2-201ENST00000589510 313 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LINC00431-202ENST00000636375 159 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CCDC51-206ENST00000447018 1461 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 OSBPL5-202ENST00000348039 2798 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TEX44-201ENST00000313965 1383 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 FTX-216ENST00000638985 1367 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SHMT2-203ENST00000449049 2121 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 MS4A15-201ENST00000337911 1536 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 TEKT4P2-202ENST00000559466 1312 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ARMC8-213ENST00000470821 1656 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ZNF239-203ENST00000426961 2027 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 PAF1-204ENST00000595564 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AIF1L-205ENST00000372301 671 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AL935212.1-201ENST00000377548 906 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC005392.1-201ENST00000419624 500 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 OR5BD1P-201ENST00000532527 817 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AL355916.2-201ENST00000556543 593 ntTSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 MIR3180-2-201ENST00000581748 88 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC010422.5-201ENST00000597961 585 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC011247.3-201ENST00000603297 438 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC006158.1-201ENST00000610661 249 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 AC073592.2-201ENST00000623062 780 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 DUT-208ENST00000559540 1441 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 LIPE-AS1-204ENST00000594624 1448 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ZNF100-201ENST00000305570 2283 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 FAM86C1-201ENST00000346333 2010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ZFP36L1-201ENST00000336440 3026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 KCNQ5-202ENST00000355194 6566 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 KCNQ5-206ENST00000402622 6596 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TCOF1Q13428 ERCC1-208ENST00000589165 1453 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
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