Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CMTR2-201ENST00000338099 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KRT8P24-201ENST00000560290 1559 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MARK4-201ENST00000262891 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 FAM219B-201ENST00000357635 3550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ABR-205ENST00000544583 5595 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LMX1B-202ENST00000373474 5797 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 FAAP100-201ENST00000327787 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GPN2-202ENST00000374135 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 BCRP1-201ENST00000444246 691 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 VPS52-212ENST00000445902 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TIMM17B-208ENST00000495490 939 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC004771.3-201ENST00000574260 551 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC113189.2-201ENST00000575310 1975 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ARAP3-201ENST00000239440 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ACADM-218ENST00000541113 2535 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GRIN1-206ENST00000371559 3577 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CBFA2T3-201ENST00000268679 4477 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 HMGA2-204ENST00000403681 4473 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TOLLIP-202ENST00000317204 3617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC01782-201ENST00000591212 2908 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MCC-202ENST00000408903 3476 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 RREB1-202ENST00000349384 7440 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 HGNC:18790-201ENST00000397958 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GPR68-204ENST00000535815 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AL355390.1-201ENST00000325811 2328 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KIFC3-202ENST00000421376 3128 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 PLXNB1-204ENST00000456774 5859 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 PCDH8-201ENST00000338862 3708 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 RBFADN-204ENST00000568911 5187 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZBTB47-201ENST00000232974 3781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MMAB-210ENST00000545712 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 EPHB3-201ENST00000330394 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TBC1D16-209ENST00000576768 6342 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF783-202ENST00000434415 4452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CATSPERE-201ENST00000366531 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TPM3P9-201ENST00000424846 2920 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC39Q9UFE4 AMOTL2-201ENST00000249883 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC39Q9UFE4 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC39Q9UFE4 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC39Q9UFE4 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
CCDC39Q9UFE4 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.8 ms