Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 FAM149A-202ENST00000356371 2997 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 PSMG4-203ENST00000380306 726 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 RPSAP31-201ENST00000416648 895 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 RPL8P2-201ENST00000430538 502 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC008723.1-201ENST00000506922 207 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 MSRB3-206ENST00000535664 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 EXOSC5-204ENST00000596905 826 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AL390755.1-201ENST00000623716 2027 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TBC1D2-201ENST00000342112 3046 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ICMT-201ENST00000343813 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 LINC00665-203ENST00000438368 1863 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC026320.2-201ENST00000434379 478 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 FKBP2-203ENST00000449942 613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ERVK13-1-204ENST00000566343 567 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CYB5D1-202ENST00000570446 570 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ZNF286A-219ENST00000585194 607 ntTSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CUTA-215ENST00000611509 1199 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 LINC00116-203ENST00000611969 441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 MBD3L2B-201ENST00000636986 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 PLA1A-204ENST00000488919 1456 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 SDHAF4-201ENST00000370474 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 DNAJB1P1-201ENST00000429417 1024 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 DUSP13-206ENST00000472493 920 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 TVP23C-205ENST00000518321 1080 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 MIR3677-201ENST00000578964 60 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 AC022001.2-201ENST00000607849 580 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 GHRHR-212ENST00000611037 923 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
HERVK_113P62684 RGPD6-202ENST00000330331 2848 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms