Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SEC13-202ENST00000350697 1425 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 ATXN2-219ENST00000550104 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 OR4S1-201ENST00000319988 930 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 NUDCD2-202ENST00000517501 448 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AC008972.2-201ENST00000606587 494 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 AP003392.6-201ENST00000607709 325 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 C1orf232-202ENST00000635463 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TAF12-201ENST00000263974 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SERF1B-204ENST00000506542 1666 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CRYM-202ENST00000543948 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
SCN9AQ15858 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 C7orf57-201ENST00000348904 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 OR52M2P-201ENST00000414298 959 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ACTBP7-201ENST00000418351 1124 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC087269.1-202ENST00000519147 400 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC115099.1-201ENST00000570413 362 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC068025.1-201ENST00000577218 762 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RNF146-211ENST00000609447 607 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 APOBEC3H-207ENST00000613996 465 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 FUCA1P1-201ENST00000374476 1351 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CHI3L1-201ENST00000255409 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 LINC01662-201ENST00000342888 1859 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 NBAT1-201ENST00000566912 1940 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC010255.3-203ENST00000509403 1727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 BABAM2-204ENST00000379624 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 HBB-201ENST00000335295 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 KCNE1-203ENST00000399286 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 IFI35-203ENST00000415816 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 FAU-202ENST00000434372 533 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 IFI35-204ENST00000438323 1232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC061961.1-201ENST00000443901 432 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AGPAT5P1-201ENST00000455855 1019 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC104506.1-201ENST00000609247 429 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TADA3-204ENST00000440161 1617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 SARS-202ENST00000369923 1882 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 LINC00115-201ENST00000473798 1317 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 PSTPIP1-207ENST00000559295 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 UBE2D1-201ENST00000373910 2659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 PLAT-205ENST00000519510 2030 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AKR1C2-202ENST00000421196 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TGM6-202ENST00000381423 2158 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 NME4-203ENST00000397722 1232 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 CTHRC1-202ENST00000415886 571 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 LINC00313-207ENST00000451543 413 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 RN7SL494P-201ENST00000461517 304 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ALG1L3P-201ENST00000503331 765 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AC113391.2-201ENST00000512245 553 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 POLR2J3-217ENST00000513438 546 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 AP001029.1-201ENST00000589843 168 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 HPX-213ENST00000615166 826 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 LINC01669-201ENST00000623161 413 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
SCN9AQ15858 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
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