Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 CYB561D1-203ENST00000393709 620 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 Z99943.1-201ENST00000451545 718 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 FTH1P22-201ENST00000456305 520 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 RN7SL582P-201ENST00000491078 279 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 AC026412.1-206ENST00000502273 206 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 AC090152.1-203ENST00000517898 1106 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 AC129102.1-201ENST00000535755 525 ntTSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 RPAP2P1-201ENST00000603626 1168 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 FGA-203ENST00000622532 1130 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 AL109924.4-201ENST00000623089 670 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 PROX1-AS1-235ENST00000628896 711 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 PCBP1-AS1-214ENST00000419542 1309 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 CR382285.1-201ENST00000625012 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL9A1P20849 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 SERPINA1-209ENST00000449399 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 UBE2R2-201ENST00000263228 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 ZNF18-204ENST00000580306 2330 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 TMEM60-201ENST00000257663 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL162725.2-201ENST00000430545 748 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 KLF2P1-201ENST00000447438 1042 ntBASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 CITED1-209ENST00000453707 998 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 PRR7-AS1-204ENST00000514846 543 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 RNA5SP417-201ENST00000516459 108 ntBASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AC025154.2-202ENST00000552379 592 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL049833.2-202ENST00000556773 626 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 INO80E-209ENST00000567254 625 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AC016180.1-201ENST00000567945 403 ntBASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AC009065.6-201ENST00000568795 456 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 USP32P3-202ENST00000583574 611 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AC020934.2-201ENST00000592400 456 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 CTSH-218ENST00000615999 972 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 IDH3A-224ENST00000629769 114 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 PRKAB1-210ENST00000630317 258 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 NDUFB6-203ENST00000379847 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AC015909.3-201ENST00000572855 1794 ntBASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 SUCLA2-201ENST00000378654 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL513327.1-206ENST00000587696 1432 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL9A1P20849 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 LDB3-204ENST00000372066 1598 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 TNNT2-203ENST00000367315 1083 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 PRELID3B-202ENST00000371033 943 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 TOMM5-203ENST00000401811 789 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 RPS27L-202ENST00000411926 528 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 MED15P3-201ENST00000413613 326 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL117339.1-201ENST00000419779 428 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL035413.1-201ENST00000437898 507 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL117351.1-201ENST00000438864 766 ntBASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
COL9A1P20849 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms