Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 GLG1-203ENST00000447066 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MT1E-202ENST00000330439 729 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 HLA-DMA-203ENST00000395305 777 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PLA2G2A-202ENST00000400520 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 POLR3H-204ENST00000407461 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 DCAF7-201ENST00000415273 1220 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 ZSCAN2-208ENST00000485222 910 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC105254.1-201ENST00000507782 621 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 C5orf63-203ENST00000509733 553 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC097381.2-201ENST00000510640 859 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 ZSCAN2-210ENST00000538076 1109 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 KRT17P4-203ENST00000579355 621 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AL353997.6-201ENST00000583394 621 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 TMIGD2-204ENST00000600349 333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 HIST1H4I-201ENST00000615353 1294 ntAPPRIS P1 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AP003900.1-201ENST00000622592 859 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MBD6-201ENST00000355673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 EMP1-211ENST00000544053 1436 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 FAM198B-201ENST00000296530 4985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PAPOLA-201ENST00000216277 4519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 LY86-201ENST00000230568 559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 CFAP36-203ENST00000403007 759 ntTSL 2 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 RPL14-203ENST00000416518 812 ntTSL 3 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 GTF2I-203ENST00000443166 979 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PRB3-202ENST00000538488 1283 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MYL6-218ENST00000550697 901 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC084262.1-201ENST00000567818 751 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC023389.1-201ENST00000577846 576 ntTSL 4 BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC087392.5-201ENST00000612517 489 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 HNF1B-207ENST00000621123 1971 ntTSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC073592.2-201ENST00000623062 780 ntBASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 GALNT7-201ENST00000265000 4307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.41□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 CNGA4-201ENST00000379936 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MARK2P16-201ENST00000605714 1723 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 TDRD9-202ENST00000409874 4782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 FAM227B-212ENST00000561064 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 PPP6R2-202ENST00000359139 4035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 COX8A-201ENST00000314133 507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 NHP2-202ENST00000314397 599 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC010900.1-201ENST00000449849 1296 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 LINC00634-202ENST00000505157 222 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC084781.1-201ENST00000613737 656 ntBASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 CACTIN-203ENST00000429344 3612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.4□□□□□ -0.26
SPTA1P02549 UBE3A-220ENST00000630424 5075 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.4□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.5 ms