Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZNRD1ASP-217ENST00000437417 1497 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ABCB6-201ENST00000265316 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RN7SL11P-201ENST00000471305 293 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ANO1-AS2-202ENST00000533327 498 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ERRFI1-201ENST00000377482 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NRM-202ENST00000376420 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CDIP1-202ENST00000562334 1205 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC079325.2-202ENST00000641031 462 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms