Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQQ7

RTP3, Receptor-transporting protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTP3Q9BQQ7 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
RTP3Q9BQQ7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RTP3Q9BQQ7 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
RTP3Q9BQQ7 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
RTP3Q9BQQ7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RTP3Q9BQQ7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RTP3Q9BQQ7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
RTP3Q9BQQ7 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RTP3Q9BQQ7 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RTP3Q9BQQ7 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 132.9 ms