Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP28Q96RU2 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP28Q96RU2 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP28Q96RU2 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 130.6 ms