Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 PLEKHA1-201ENST00000368988 3872 ntTSL 5 BASIC6.88□□□□□ -1.312e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TFG-204ENST00000476228 1783 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.5□□□□□ -1.372e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 RARS-203ENST00000519346 945 ntTSL 36.48□□□□□ -1.372e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PLEKHA1-205ENST00000433307 3704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.18□□□□□ -1.422e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PLEKHA1-203ENST00000368990 14010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.14□□□□□ -1.432e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 RARS-204ENST00000520013 1990 ntTSL 25.69□□□□□ -1.52e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 RPLP0-225ENST00000552292 720 ntTSL 2 BASIC4.96□□□□□ -1.622e-18■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 MAU2-206ENST00000587362 557 ntTSL 44.57□□□□□ -1.682e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ACSL5-208ENST00000495539 716 ntTSL 24.44□□□□□ -1.72e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 POLR3E-206ENST00000563282 448 ntTSL 24.36□□□□□ -1.716e-23■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TFG-209ENST00000615993 1244 ntTSL 1 (best) BASIC3.92□□□□□ -1.782e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ACIN1-221ENST00000557432 642 ntTSL 39.99□□□□□ -0.811e-10■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ACIN1-208ENST00000553721 610 ntTSL 39.5□□□□□ -0.891e-10■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ACIN1-212ENST00000554979 366 ntTSL 28.81□□□□□ -11e-10■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ACIN1-214ENST00000555352 579 ntTSL 48.6□□□□□ -1.031e-10■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ACIN1-207ENST00000553501 716 ntTSL 28.54□□□□□ -1.041e-10■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.52e-9■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.52e-9■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 UCKL1-207ENST00000632800 1530 ntTSL 514.8□□□□□ -0.043e-11■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 GANAB-204ENST00000525994 390 ntTSL 414.17□□□□□ -0.142e-6■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 MAP2K3-207ENST00000483928 511 ntTSL 515.07■□□□□ 01e-6■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 IST1-210ENST00000537571 603 ntTSL 25.07□□□□□ -1.65e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 FAM169A-206ENST00000514200 751 ntTSL 416.46■□□□□ 0.236e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 FAM169A-204ENST00000510609 5908 ntTSL 1 (best)14.51□□□□□ -0.096e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 FAM169A-205ENST00000513277 803 ntTSL 313.41□□□□□ -0.266e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 FAM169A-203ENST00000510496 5810 ntTSL 5 BASIC4.49□□□□□ -1.696e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 FAM169A-201ENST00000389156 5990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.24□□□□□ -1.736e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TBC1D4-207ENST00000493487 458 ntTSL 44.67□□□□□ -1.662e-17■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CTSA-212ENST00000606394 584 ntTSL 412.51□□□□□ -0.419e-10■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CTSA-208ENST00000485627 695 ntTSL 39.42□□□□□ -0.99e-10■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-217ENST00000522234 1679 ntTSL 220.78■□□□□ 0.925e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.645e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.435e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-208ENST00000517426 1574 ntTSL 517.48■□□□□ 0.395e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.045e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-201ENST00000276052 3016 ntTSL 2 BASIC13.77□□□□□ -0.25e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-222ENST00000523699 675 ntTSL 513.32□□□□□ -0.285e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-203ENST00000428400 3016 ntTSL 212.95□□□□□ -0.345e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-204ENST00000457458 3158 ntTSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.375e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 CDK16-220ENST00000523344 1266 ntTSL 59.54□□□□□ -0.885e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 SUPT16H-201ENST00000216297 4684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.91□□□□□ -0.823e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 RBM39-224ENST00000463098 869 ntTSL 214□□□□□ -0.171e-323■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 LTBP3-208ENST00000527339 619 ntTSL 315.71■□□□□ 0.114e-14■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCBP2-209ENST00000547048 1696 ntTSL 26.15□□□□□ -1.421e-7■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TIAL1-211ENST00000489822 2222 ntTSL 217.29■□□□□ 0.367e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TIAL1-213ENST00000497671 2321 ntTSL 1 (best)15.63■□□□□ 0.097e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TIAL1-205ENST00000436547 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.31□□□□□ -1.247e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TIAL1-203ENST00000369093 5072 ntTSL 2 BASIC7.17□□□□□ -1.267e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 TIAL1-209ENST00000470781 1727 ntTSL 25.54□□□□□ -1.527e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ARFGAP1-217ENST00000523114 579 ntTSL 417.77■□□□□ 0.447e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 ARFGAP1-216ENST00000522959 556 ntTSL 213.58□□□□□ -0.247e-8■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.691e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.331e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-206ENST00000558674 2189 ntTSL 219.49■□□□□ 0.711e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-214ENST00000560736 897 ntTSL 319.02■□□□□ 0.641e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.581e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-215ENST00000561050 1856 ntTSL 218.49■□□□□ 0.551e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.241e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-211ENST00000559837 756 ntTSL 315.42■□□□□ 0.061e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-216ENST00000561286 2012 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.011e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.351e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PCK2-212ENST00000560106 782 ntTSL 511.45□□□□□ -0.581e-22■■□□□ 11.5
SF3A3Q12874 PAPOLA-205ENST00000553689 2267 ntTSL 1 (best)20.52■□□□□ 0.881e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 PAPOLA-201ENST00000216277 4519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.171e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 PAPOLA-215ENST00000555626 2272 ntTSL 1 (best)3.65□□□□□ -1.831e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 PAPOLA-202ENST00000392990 2588 ntTSL 5 BASIC2.6□□□□□ -1.991e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.153e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.943e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.83e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-229ENST00000466211 584 ntTSL 319.46■□□□□ 0.713e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-243ENST00000494824 565 ntTSL 518.09■□□□□ 0.493e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.453e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-213ENST00000428282 1005 ntTSL 314.85□□□□□ -0.033e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-204ENST00000391973 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.223e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-201ENST00000360051 3613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.1□□□□□ -0.473e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-206ENST00000402092 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.743e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-228ENST00000464128 565 ntTSL 45.55□□□□□ -1.523e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SEPT2-239ENST00000484167 668 ntTSL 25.31□□□□□ -1.563e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 WDR43-201ENST00000296126 787 ntTSL 54.66□□□□□ -1.664e-12■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MCM3-204ENST00000476448 982 ntTSL 210.88□□□□□ -0.673e-10■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.663e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SLC26A6-214ENST00000462009 825 ntTSL 317.87■□□□□ 0.456e-8■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 RNF43-208ENST00000584437 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.119e-18■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 RNF43-202ENST00000577625 2198 ntTSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.129e-18■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 RNF43-201ENST00000407977 5516 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.19□□□□□ -0.149e-18■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 RNF43-203ENST00000577716 4367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.05□□□□□ -0.489e-18■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 RNF43-207ENST00000583753 3560 ntTSL 2 BASIC12.01□□□□□ -0.499e-18■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SLC26A6-211ENST00000431739 588 ntTSL 312.66□□□□□ -0.383e-7■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 SLC26A6-209ENST00000426599 555 ntTSL 412.34□□□□□ -0.433e-7■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 CCT7-204ENST00000409924 567 ntTSL 318.12■□□□□ 0.492e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 CCT7-207ENST00000469844 612 ntTSL 414.44□□□□□ -0.12e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 CCT7-205ENST00000461290 1018 ntTSL 212.89□□□□□ -0.352e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MMAB-207ENST00000541763 1252 ntTSL 321.04■□□□□ 0.961e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MMAB-202ENST00000503497 546 ntTSL 518.04■□□□□ 0.481e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 PSMC5-215ENST00000583283 602 ntTSL 417.79■□□□□ 0.441e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MMAB-201ENST00000420167 561 ntTSL 417.67■□□□□ 0.421e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.361e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MMAB-210ENST00000545712 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.121e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MMAB-208ENST00000542390 544 ntTSL 215.65■□□□□ 0.11e-6■■□□□ 11.4
SF3A3Q12874 MMAB-209ENST00000544051 1089 ntTSL 315.65■□□□□ 0.11e-6■■□□□ 11.4
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