Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZBTB7B-207ENST00000535420 3777 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 MRC2-202ENST00000446119 3201 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ICA1-207ENST00000406470 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 HNRNPH3-201ENST00000265866 2339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FKBP5-203ENST00000539068 3827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SOCS2-205ENST00000548537 3733 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 ITGB4-206ENST00000579662 5554 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
LIG1P18858 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TRIM17-203ENST00000366697 2652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AL356805.1-201ENST00000556383 341 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ANO10-203ENST00000396091 2419 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 BAK1-201ENST00000360661 2132 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PHYHD1-203ENST00000372592 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ATP6V0A1-203ENST00000393829 3028 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ILF2-205ENST00000615950 1906 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 VPS9D1-201ENST00000389386 2748 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 RFTN1-203ENST00000432519 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 KBTBD4-202ENST00000430070 2372 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 SNX14-203ENST00000369627 3111 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 SP6-201ENST00000342234 3800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 GABRA1-201ENST00000023897 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PNKD-204ENST00000436005 978 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PRKN-204ENST00000366896 2514 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PRAMEF25-202ENST00000619661 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 CHPF2-204ENST00000495645 2709 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 LILRP2-201ENST00000413439 2127 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 CHRNB4-201ENST00000261751 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 PRRT2-202ENST00000358758 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
LIG1P18858 ZW10-201ENST00000200135 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIG1P18858 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIG1P18858 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIG1P18858 DHX36-213ENST00000496811 6733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
LIG1P18858 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.6 ms