Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ADORA1-204ENST00000367236 3407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 GDNF-AS1-201ENST00000503382 604 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ANKRD35-201ENST00000355594 3342 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 ZNF586-201ENST00000391702 2265 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 OR2V1-205ENST00000642036 2609 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 SUSD4-204ENST00000366878 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
LHX3Q9UBR4 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 CLEC11A-202ENST00000599973 1026 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 AC006453.2-202ENST00000635968 827 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 AC092135.3-201ENST00000624151 1846 ntBASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 SSFA2-205ENST00000431877 5150 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
LHX3Q9UBR4 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms