Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL139420.1-201ENST00000439394 653 ntTSL 3 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RPL28-208ENST00000559463 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 IMPDH1-202ENST00000348127 2479 ntTSL 1 (best) BASIC14.71□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 BMP1-203ENST00000354870 3989 ntTSL 5 BASIC14.71□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC14.71□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC14.71□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 COPS7B-206ENST00000410017 2051 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AXIN2-201ENST00000307078 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC005077.2-201ENST00000449786 690 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 BX284668.4-201ENST00000453917 508 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 RHOQP1-201ENST00000555758 579 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ARL16-210ENST00000574938 751 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LANCL2-201ENST00000254770 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PTPRU-205ENST00000460170 5337 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TBC1D1-201ENST00000261439 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 OSBPL3-201ENST00000313367 6760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 MYCBPAP-201ENST00000323776 3186 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.7□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 SYNGR1-203ENST00000328933 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 GTPBP1-201ENST00000216044 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 DDB1-201ENST00000301764 4506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 JPH1-201ENST00000342232 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 PPM1F-201ENST00000263212 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC14.69□□□□□ -0.06
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC14.69□□□□□ -0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.7 ms