Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BAX-201ENST00000293288 1358 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TUBA3C-202ENST00000618094 1386 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NIPAL3-202ENST00000339255 1676 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 G6PD-201ENST00000369620 1799 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SNRPN-203ENST00000400097 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 KRT8P31-201ENST00000504812 1408 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 DLK1-201ENST00000331224 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ERGIC3-203ENST00000357394 1357 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SYCN-201ENST00000318438 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PCMTD1-207ENST00000522514 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AHNAK-205ENST00000530124 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MSRB3-206ENST00000535664 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC011466.3-201ENST00000596563 852 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC011462.2-201ENST00000598887 344 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC009084.3-201ENST00000623356 437 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CNTNAP2-225ENST00000639247 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CYP51A1P3-201ENST00000400072 1428 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 GOLGA5-201ENST00000163416 2969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PSG4-203ENST00000433626 1887 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 EBP-205ENST00000495186 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC00665-205ENST00000585356 1557 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CRYBB1-201ENST00000215939 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.6-201ENST00000366384 298 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PBDC1-201ENST00000373357 977 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 DNAJB1P1-201ENST00000429417 1024 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 IGHV3-37-201ENST00000518544 340 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC037486.1-201ENST00000523792 790 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC026803.1-201ENST00000569130 274 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC010754.1-201ENST00000582300 1061 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PRMT5-AS1-206ENST00000599580 847 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 GMFG-209ENST00000600322 622 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CNOT7-213ENST00000628418 432 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CMC2-224ENST00000630396 481 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC00513-201ENST00000447430 1616 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SGCE-202ENST00000415788 1871 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SERF2-201ENST00000249786 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC00905-203ENST00000588838 1414 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 DUOXA1-210ENST00000559014 1965 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 RASGEF1B-202ENST00000335927 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 POLL-204ENST00000370168 1536 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC01388-201ENST00000416242 416 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 LINC00431-201ENST00000440735 1189 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MYL7-209ENST00000458240 791 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 GLIDR-205ENST00000640674 884 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TBC1D3J-201ENST00000620719 1426 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
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