Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 HMGA1-202ENST00000347617 1773 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PQBP1-201ENST00000218224 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PQBP1-202ENST00000247140 664 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PQBP1-203ENST00000376563 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PQBP1-204ENST00000376566 760 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PQBP1-205ENST00000396763 965 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 HORMAD1-201ENST00000322343 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 HELZ2-202ENST00000427522 7827 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CBARP-204ENST00000590083 4261 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 VAMP1-203ENST00000400911 1068 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC007406.3-201ENST00000537295 1063 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC243967.2-201ENST00000601409 567 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
SMARCB1Q12824 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.4 ms