Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
DDX56Q9NY93 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
DDX56Q9NY93 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms