Protein–RNA interactions for Protein: P49754

VPS41, Vacuolar protein sorting-associated protein 41 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 854 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS41P49754 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS41P49754 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS41P49754 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS41P49754 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS41P49754 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS41P49754 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS41P49754 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS41P49754 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS41P49754 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS41P49754 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS41P49754 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS41P49754 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS41P49754 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS41P49754 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS41P49754 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS41P49754 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS41P49754 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS41P49754 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS41P49754 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS41P49754 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
VPS41P49754 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS41P49754 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS41P49754 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS41P49754 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS41P49754 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS41P49754 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
VPS41P49754 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 7.7 ms