Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG1P18858 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIG1P18858 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIG1P18858 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIG1P18858 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG1P18858 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG1P18858 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG1P18858 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG1P18858 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG1P18858 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG1P18858 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG1P18858 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG1P18858 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG1P18858 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG1P18858 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG1P18858 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG1P18858 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG1P18858 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
LIG1P18858 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
LIG1P18858 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.81
LIG1P18858 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG1P18858 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG1P18858 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG1P18858 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG1P18858 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG1P18858 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
LIG1P18858 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG1P18858 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG1P18858 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG1P18858 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG1P18858 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG1P18858 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG1P18858 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG1P18858 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG1P18858 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG1P18858 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG1P18858 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG1P18858 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG1P18858 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC26.33■■□□□ 1.8
LIG1P18858 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG1P18858 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
LIG1P18858 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
LIG1P18858 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms