Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CAMK2D-211ENST00000511664 2210 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TMEM87B-201ENST00000283206 5212 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.22□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 KLHL21-201ENST00000377658 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 MLLT11-201ENST00000368921 4075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TBK1-201ENST00000331710 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 UNC5A-201ENST00000329542 3812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PARVB-201ENST00000338758 5429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TARDBP-201ENST00000240185 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 MTCL1-202ENST00000359865 6093 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 C6orf120-201ENST00000332290 2667 ntAPPRIS P1 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SPIRE1-201ENST00000309836 1877 ntTSL 2 BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC14.21□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 E2F7-202ENST00000416496 5297 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AQP1-201ENST00000311813 2913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 KDM6B-201ENST00000254846 6713 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 TRAF7-201ENST00000326181 3700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 MYOM3-202ENST00000374434 5804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 VWA5B2-202ENST00000426955 4120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 PLXNB2-207ENST00000449103 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC14.2□□□□□ -0.14
KLHL28Q9NXS3 SNPH-201ENST00000381867 5533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.19□□□□□ -0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms