Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.16e-8■■□□□ 12
SF3A3Q12874 TRMT1-202ENST00000357720 2142 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.216e-8■■□□□ 12
SF3A3Q12874 SDCCAG3-208ENST00000466579 496 ntTSL 1 (best)8.51□□□□□ -1.051e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 RBM25-211ENST00000532483 1052 ntTSL 56.21□□□□□ -1.421e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 RBM25-206ENST00000527449 3469 ntTSL 1 (best)3.2□□□□□ -1.91e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 FAM3B-205ENST00000479810 2742 ntTSL 213.46□□□□□ -0.252e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 FAM3B-201ENST00000357985 1088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.16□□□□□ -0.622e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.72e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC10.66□□□□□ -0.72e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 FAM3B-202ENST00000398646 1026 ntTSL 5 BASIC9.71□□□□□ -0.862e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 FAM3B-206ENST00000518236 1052 ntTSL 29.41□□□□□ -0.92e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 EIF3B-209ENST00000468250 602 ntTSL 25.77□□□□□ -1.492e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 EIF3B-206ENST00000463229 552 ntTSL 54.95□□□□□ -1.622e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 IST1-222ENST00000545388 630 ntTSL 29.51□□□□□ -0.892e-7■■□□□ 12
SF3A3Q12874 IST1-211ENST00000537613 894 ntTSL 29.1□□□□□ -0.952e-7■■□□□ 12
SF3A3Q12874 IST1-207ENST00000534994 674 ntTSL 59.03□□□□□ -0.962e-7■■□□□ 12
SF3A3Q12874 IST1-214ENST00000538709 491 ntTSL 28.64□□□□□ -1.032e-7■■□□□ 12
SF3A3Q12874 IST1-220ENST00000541918 908 ntTSL 58.01□□□□□ -1.132e-7■■□□□ 12
SF3A3Q12874 IST1-227ENST00000626438 126 ntTSL 5 BASIC-0.04□□□□□ -2.422e-7■■□□□ 12
SF3A3Q12874 SETD5-208ENST00000421188 1323 ntTSL 58.61□□□□□ -1.033e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 SETD5-225ENST00000488236 1320 ntTSL 57.67□□□□□ -1.183e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 SETD5-220ENST00000476740 584 ntTSL 34.26□□□□□ -1.733e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 SETD5-222ENST00000478961 672 ntTSL 22.56□□□□□ -23e-6■■□□□ 12
SF3A3Q12874 HDAC6-231ENST00000488905 492 ntTSL 415.5■□□□□ 0.072e-13■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 IDH3B-208ENST00000479376 436 ntTSL 210.99□□□□□ -0.654e-8■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 FANCA-220ENST00000566409 395 ntTSL 1 (best)12.81□□□□□ -0.362e-19■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PTCD3-208ENST00000469585 885 ntTSL 26.05□□□□□ -1.447e-9■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PTCD3-216ENST00000487043 1054 ntTSL 34.52□□□□□ -1.697e-9■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CHRD-203ENST00000356534 1252 ntTSL 1 (best)18.13■□□□□ 0.495e-8■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC17.54■□□□□ 0.45e-14■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 LINC01089-210ENST00000543167 1059 ntTSL 214.29□□□□□ -0.124e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 EP400NL-201ENST00000332441 2741 ntTSL 221.25■□□□□ 0.991e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 EP400NL-209ENST00000488030 1366 ntTSL 216.6■□□□□ 0.251e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 EP400NL-206ENST00000446190 3697 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.171e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SLC22A31-204ENST00000568161 651 ntTSL 313.37□□□□□ -0.273e-25■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PROC-209ENST00000464089 563 ntTSL 415.14■□□□□ 0.012e-17■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ACLY-210ENST00000592970 540 ntTSL 48.65□□□□□ -1.021e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CP-210ENST00000481169 3411 ntTSL 27.11□□□□□ -1.271e-19■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CP-213ENST00000494544 2806 ntTSL 1 (best)5.19□□□□□ -1.581e-19■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CP-212ENST00000490639 3105 ntTSL 1 (best)5.14□□□□□ -1.591e-19■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CP-201ENST00000264613 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.3□□□□□ -1.721e-19■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ANKHD1-207ENST00000421134 4814 ntTSL 520.54■□□□□ 0.882e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ANKHD1-202ENST00000297183 7606 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.382e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.282e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ANKHD1-203ENST00000360839 8221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.12e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ANKHD1-201ENST00000246149 2062 ntTSL 28.65□□□□□ -1.022e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ANKHD1-206ENST00000412116 1826 ntTSL 58.52□□□□□ -1.052e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NUMA1-217ENST00000540626 2276 ntTSL 215.73■□□□□ 0.111e-11■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 NUMA1-219ENST00000541262 706 ntTSL 312.12□□□□□ -0.471e-11■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-206ENST00000467519 1960 ntTSL 1 (best)18.62■□□□□ 0.576e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.536e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.426e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.386e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-205ENST00000439880 3096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.116e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-208ENST00000480816 807 ntTSL 514.78□□□□□ -0.046e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-201ENST00000245960 3597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.91□□□□□ -0.186e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC25B-207ENST00000468979 634 ntTSL 310.33□□□□□ -0.766e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TTC3-202ENST00000355666 7712 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.33□□□□□ -0.761e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TTC3-216ENST00000479930 8998 ntTSL 1 (best)9.76□□□□□ -0.851e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TTC3-201ENST00000354749 9084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.11□□□□□ -1.271e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TTC3-204ENST00000399017 10363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.11□□□□□ -1.591e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 MRPL52-206ENST00000461594 375 ntTSL 311.99□□□□□ -0.496e-13■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDC34-203ENST00000586788 900 ntTSL 220.9■□□□□ 0.943e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ANKZF1-209ENST00000460966 873 ntTSL 1 (best)9.48□□□□□ -0.892e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.334e-8■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.44e-8■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 GRAMD1A-209ENST00000598580 400 ntTSL 39.28□□□□□ -0.924e-8■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ETV4-206ENST00000585508 760 ntTSL 517.12■□□□□ 0.335e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ETV4-210ENST00000590236 616 ntTSL 313.57□□□□□ -0.245e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 WDR59-205ENST00000562371 562 ntTSL 28.73□□□□□ -1.012e-7■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.262e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PAPOLA-213ENST00000555224 534 ntTSL 54.9□□□□□ -1.632e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PAPOLA-204ENST00000553461 892 ntTSL 24.28□□□□□ -1.722e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PROC-208ENST00000442644 600 ntTSL 317.41■□□□□ 0.383e-10■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CKB-205ENST00000553878 856 ntTSL 226.38■■□□□ 1.811e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.261e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CKB-208ENST00000554426 775 ntTSL 521.52■■□□□ 1.041e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CKB-217ENST00000557569 579 ntTSL 221.52■■□□□ 1.041e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.991e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-211ENST00000592700 1602 ntTSL 220.72■□□□□ 0.914e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CYP27A1-204ENST00000466602 1210 ntTSL 220.57■□□□□ 0.881e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 WDR4-206ENST00000479429 759 ntTSL 520.23■□□□□ 0.831e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-211ENST00000440422 659 ntTSL 520.16■□□□□ 0.821e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CDK13-201ENST00000181839 7298 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.821e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.614e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.584e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ACTB-203ENST00000417101 472 ntTSL 418.6■□□□□ 0.571e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 PLXNB2-205ENST00000432455 1620 ntTSL 518.15■□□□□ 0.54e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TAZ-211ENST00000494912 2286 ntTSL 217.5■□□□□ 0.391e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-203ENST00000586096 570 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.364e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TAZ-204ENST00000470127 272 ntTSL 517.01■□□□□ 0.311e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CKB-215ENST00000557287 565 ntTSL 216.83■□□□□ 0.281e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SCLY-213ENST00000450965 1918 ntTSL 1 (best)16.76■□□□□ 0.271e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 CSNK1G2-211ENST00000615564 964 ntTSL 516.65■□□□□ 0.261e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 ID3-203ENST00000486541 892 ntTSL 1 (best)16.64■□□□□ 0.251e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 SCLY-215ENST00000480357 5668 ntTSL 1 (best)16.57■□□□□ 0.241e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 LTBP3-204ENST00000525443 3162 ntTSL 216.46■□□□□ 0.221e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 TMBIM1-221ENST00000476429 462 ntTSL 315.99■□□□□ 0.151e-6■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.154e-16■■□□□ 11.9
SF3A3Q12874 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.154e-16■■□□□ 11.9
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