Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AP005019.2-201ENST00000615104 511 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 PKN2-201ENST00000316005 2632 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 TP53I11-208ENST00000525680 2647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 MARCKS-201ENST00000612661 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 PDRG1-201ENST00000202017 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 LINC00094-204ENST00000599836 1689 ntAPPRIS P5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 MEGF10-202ENST00000418761 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 RCSD1-206ENST00000537350 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 UBTF-201ENST00000302904 4997 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AP006294.1-201ENST00000415407 339 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC093433.1-201ENST00000458048 571 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 LINC00917-207ENST00000601556 2618 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 FMR1-203ENST00000370470 1774 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ZNF575-202ENST00000458714 2285 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HDAC4P56524 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HDAC4P56524 HTR3A-202ENST00000355556 2331 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HDAC4P56524 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HDAC4P56524 RPGRIP1-210ENST00000556336 2955 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HDAC4P56524 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HDAC4P56524 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms