Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CTBP2-203ENST00000337195 6939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.73□□□□□ -0.693e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 SMARCAD1-206ENST00000509418 2348 ntTSL 2 BASIC2.59□□□□□ -1.995e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.264e-9■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 ENGASE-201ENST00000300682 4626 ntTSL 513.72□□□□□ -0.213e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 MTMR14-209ENST00000437997 718 ntTSL 327.12■■□□□ 1.932e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 MTMR14-205ENST00000416864 840 ntTSL 525.63■■□□□ 1.692e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 MTMR14-207ENST00000430020 1451 ntTSL 219.31■□□□□ 0.682e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 TRAK1-201ENST00000327628 5293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.225e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 FBXO18-203ENST00000397269 3640 ntTSL 5 BASIC17.66■□□□□ 0.423e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.43e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 FBXO18-202ENST00000379999 3702 ntTSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.733e-6■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-205ENST00000502930 548 ntTSL 426.76■■□□□ 1.876e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-213ENST00000507741 1584 ntTSL 224.36■■□□□ 1.496e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-209ENST00000505403 645 ntTSL 424.06■■□□□ 1.446e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-206ENST00000504113 594 ntTSL 424■■□□□ 1.436e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-215ENST00000509068 805 ntTSL 323.95■■□□□ 1.426e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-216ENST00000509376 2293 ntTSL 221.04■□□□□ 0.966e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.16e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-202ENST00000381441 4207 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.166e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-201ENST00000334635 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.236e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 DCUN1D4-204ENST00000477560 4840 ntTSL 24.51□□□□□ -1.696e-7■■■■■ 88.6
SF3B1O75533 HOOK3-204ENST00000527306 2325 ntTSL 1 (best)22.34■■□□□ 1.175e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 GOLGA8B-205ENST00000564575 574 ntTSL 420.22■□□□□ 0.835e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 GOLGA8B-208ENST00000567956 533 ntTSL 220.22■□□□□ 0.835e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.325e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.215e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 GOLGA8B-207ENST00000566258 540 ntTSL 416.26■□□□□ 0.195e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 ZNF367-201ENST00000375256 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.155e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 TBC1D14-201ENST00000409757 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.17□□□□□ -0.466e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 TBC1D14-207ENST00000448507 4887 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC10.57□□□□□ -0.726e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 GOLGA8B-206ENST00000566091 529 ntTSL 57.6□□□□□ -1.195e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 RPN1-206ENST00000495462 566 ntTSL 37.09□□□□□ -1.275e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 R3HDM1-202ENST00000409478 4272 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.435e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 R3HDM1-201ENST00000264160 4648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC5.17□□□□□ -1.585e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 ZFR-207ENST00000514356 3109 ntTSL 24.22□□□□□ -1.731e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 ZFR-206ENST00000510369 1551 ntTSL 1 (best)2.77□□□□□ -1.971e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 AC015574.1-202ENST00000616588 456 ntTSL 5 BASIC7.24□□□□□ -1.255e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 AC015574.1-204ENST00000612595 512 ntTSL 54.57□□□□□ -1.685e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 AC015574.1-203ENST00000614344 498 ntTSL 54.31□□□□□ -1.725e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 COCH-208ENST00000555117 619 ntTSL 224.38■■□□□ 1.491e-11■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 EPC1-203ENST00000375110 3909 ntTSL 1 (best) BASIC4.39□□□□□ -1.712e-6■■■■■ 88.5
SF3B1O75533 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.973e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-207ENST00000540763 799 ntTSL 321.05■□□□□ 0.963e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-211ENST00000544429 574 ntTSL 420.76■□□□□ 0.913e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-204ENST00000536079 765 ntTSL 219.37■□□□□ 0.693e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-212ENST00000544738 956 ntTSL 517.79■□□□□ 0.443e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-202ENST00000354291 1004 ntTSL 517.65■□□□□ 0.423e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.153e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-209ENST00000542286 2767 ntTSL 214.98□□□□□ -0.013e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-213ENST00000545042 450 ntTSL 514.49□□□□□ -0.093e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 DDX55-206ENST00000539934 2240 ntTSL 512.23□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 FBXL20-201ENST00000264658 10388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.56□□□□□ -0.885e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 L3MBTL1-206ENST00000427442 3157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.66□□□□□ -0.061e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 L3MBTL1-204ENST00000418998 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.28□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 L3MBTL1-202ENST00000373134 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.171e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 L3MBTL1-203ENST00000373135 3218 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.241e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 LRBA-204ENST00000507224 8826 ntTSL 5 BASIC8.09□□□□□ -1.113e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 LRBA-209ENST00000510413 10032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.59□□□□□ -1.193e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 LRBA-201ENST00000357115 9899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.06□□□□□ -1.283e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 PSEN1-202ENST00000357710 2776 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.52□□□□□ -0.572e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 PSEN1-201ENST00000324501 6078 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC7.46□□□□□ -1.212e-6■■■■■ 88.4
SF3B1O75533 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.883e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.833e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 MTCH1-204ENST00000460219 1572 ntTSL 223.3■■□□□ 1.323e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 YWHAZ-206ENST00000395957 5248 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.36□□□□□ -0.271e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 YWHAZ-202ENST00000395948 812 ntTSL 3 BASIC9.88□□□□□ -0.831e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 YWHAZ-201ENST00000353245 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.84□□□□□ -1.791e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 YWHAZ-211ENST00000457309 3007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC3.52□□□□□ -1.851e-6■■■■■ 88.3
SF3B1O75533 TTC19-206ENST00000475723 2591 ntTSL 221.94■■□□□ 1.12e-7■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.72e-7■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 FBXO42-201ENST00000375592 6202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.053e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 AL138720.1-202ENST00000437648 1017 ntTSL 5 BASIC10.28□□□□□ -0.766e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 DIDO1-204ENST00000370368 2704 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.241e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 DIDO1-202ENST00000354665 2707 ntTSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.31e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 DIDO1-205ENST00000370371 2833 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.351e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.233e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.033e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 WDR1-204ENST00000499869 3054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.53e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 DOCK11-202ENST00000276204 6664 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC9.17□□□□□ -0.945e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 DOCK11-201ENST00000276202 6625 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.47□□□□□ -1.215e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 DGCR2-203ENST00000467659 2459 ntTSL 517.73■□□□□ 0.435e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.093e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 CIT-203ENST00000392521 8708 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.453e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 CIT-201ENST00000261833 8578 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.99□□□□□ -0.813e-6■■■■■ 88.2
SF3B1O75533 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.795e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 RFFL-211ENST00000584541 563 ntTSL 419.64■□□□□ 0.735e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 AC004223.3-202ENST00000591723 676 ntTSL 518.2■□□□□ 0.55e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.125e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 TMBIM1-218ENST00000453776 561 ntTSL 314.43□□□□□ -0.11e-7■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 RFFL-201ENST00000315249 7293 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 RFFL-204ENST00000414419 559 ntTSL 412.27□□□□□ -0.455e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 RFFL-209ENST00000581265 596 ntTSL 411.72□□□□□ -0.535e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 RFFL-212ENST00000584655 4039 ntTSL 2 BASIC10.48□□□□□ -0.735e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 HIP1-204ENST00000434438 7066 ntTSL 2 BASIC10.05□□□□□ -0.81e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 HIP1-206ENST00000485723 419 ntTSL 29.47□□□□□ -0.891e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 HIP1-201ENST00000336926 8013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.14□□□□□ -0.951e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 MACF1-231ENST00000564288 24828 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC4.29□□□□□ -1.722e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 SS18L1-201ENST00000331758 4493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.75□□□□□ -0.853e-6■■■■■ 88.1
SF3B1O75533 TGFB1-203ENST00000598758 559 ntTSL 510.39□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 88.1
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1403.1 ms