Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ACADM-202ENST00000370841 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ADAM33-201ENST00000350009 3480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CDH20-201ENST00000262717 3882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RPN2-202ENST00000373622 2348 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LSS-211ENST00000522411 2523 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NSD2-203ENST00000382888 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PCDHGA3-203ENST00000619750 2695 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 DAGLB-201ENST00000297056 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RGS12-203ENST00000344733 5469 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RPL15-213ENST00000611050 2363 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NEFH-201ENST00000310624 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC005306.1-201ENST00000587498 661 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 C2-206ENST00000442278 2434 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ACAD8-201ENST00000281182 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 STRA6-203ENST00000416286 2750 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PCDH8-201ENST00000338862 3708 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NLRP7-209ENST00000592784 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PPP1R3D-201ENST00000370996 3630 ntAPPRIS P1 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 HTR3A-205ENST00000504030 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RPS6KC1-207ENST00000543470 4227 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GPR88-201ENST00000315033 3491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TOLLIP-202ENST00000317204 3617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 HECTD3-202ENST00000372172 3610 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 FAM46C-201ENST00000369448 5751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SF1-202ENST00000334944 3094 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ZNF501-205ENST00000620116 3382 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GDAP1L1-206ENST00000537864 2855 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SAFB-211ENST00000592224 3014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MGC16275-201ENST00000499670 2501 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GDAP1L1-207ENST00000612599 2585 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53 ms