Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ALDOA-203ENST00000395248 2447 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 IARS2-201ENST00000366922 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC015656.1-201ENST00000624209 3578 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RUNX3-201ENST00000308873 3861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 NELFA-202ENST00000382882 3343 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LTBP3-221ENST00000532932 3327 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 COL9A2-202ENST00000372748 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ARHGEF26-AS1-204ENST00000491862 2598 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 KRT8P12-202ENST00000472924 1397 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 VLDLR-202ENST00000382099 3240 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
LIG1P18858 COL25A1-203ENST00000399132 2724 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 GGA1-206ENST00000406772 3205 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LHX6-207ENST00000541397 2942 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 USP10-201ENST00000219473 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AGPAT1-201ENST00000336984 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 CNTNAP3-202ENST00000358144 4885 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC245052.4-201ENST00000452097 4158 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 TRAF3-202ENST00000351691 2239 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 RSPH9-201ENST00000372163 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 VIPAS39-202ENST00000343765 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 MAN1B1-202ENST00000371589 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
LIG1P18858 FAM163A-201ENST00000341785 2909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms