Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
LIMA1Q9UHB6 TMCC2-202ENST00000330675 2780 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 RPS6KL1-210ENST00000555647 3309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 BBS2-201ENST00000245157 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 MAX-219ENST00000618858 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC152010.1-201ENST00000415779 2006 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ATG4B-206ENST00000405546 3294 ntTSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 OTUD3-201ENST00000375120 6397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 TPO-201ENST00000329066 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 ZNF256-201ENST00000282308 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PFKFB4-201ENST00000232375 3586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 LIN9-201ENST00000328205 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PCNX2-201ENST00000258229 7518 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 KIAA0930-203ENST00000391627 2623 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 PRSS30P-203ENST00000476276 2855 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 CYB5D2-201ENST00000301391 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 LINC01230-201ENST00000625222 3017 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
LIMA1Q9UHB6 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms