Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ZNF607-201ENST00000355202 4364 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ANXA8-203ENST00000583874 1860 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SLC6A20-202ENST00000358525 5423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SEZ6-203ENST00000360295 4306 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SYNRG-217ENST00000612223 8229 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SNX18-202ENST00000343017 3140 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TMTC1-207ENST00000552618 3915 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL645728.2-202ENST00000641679 227 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MAEL-202ENST00000367872 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AMPD3-203ENST00000396554 3806 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PHAX-201ENST00000297540 4288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MSH5-203ENST00000375750 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PRDM16-203ENST00000378391 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC023511.2-201ENST00000618803 211 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 G6PD-203ENST00000393564 1661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 NR1H3-211ENST00000441012 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PCDHGB1-202ENST00000611598 2592 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 EIF4G3-204ENST00000374935 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ATXN7-201ENST00000295900 7224 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GLI2-203ENST00000361492 6768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms