Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
RPUSD4Q96CM3 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms