Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC112Q8NEF3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC112Q8NEF3 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC112Q8NEF3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC112Q8NEF3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CCDC112Q8NEF3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC112Q8NEF3 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms