Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CLIP4Q8N3C7 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
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CLIP4Q8N3C7 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CLIP4Q8N3C7 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms