Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNE3Q6ZMZ3 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNE3Q6ZMZ3 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC27■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms