Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP39Q53GS9 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP39Q53GS9 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms