Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4G1-206ENST00000392537 5229 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 WASH2P-202ENST00000538033 2800 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 CHRDL1-204ENST00000444321 1658 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 MLST8-201ENST00000301724 1735 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
LIMCH1Q9UPQ0 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SSH2-210ENST00000582084 560 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 RALGDS-201ENST00000372047 3598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 AKR7L-202ENST00000429712 1313 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SALL3-205ENST00000575389 3996 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms