Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4AQ9UN37 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4AQ9UN37 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VPS4AQ9UN37 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms