Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC28BQ9BUN5 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC28BQ9BUN5 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms