Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC3Q9BQI4 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CCDC3Q9BQI4 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms