Protein–RNA interactions for Protein: Q15459

SF3A1, Splicing factor 3A subunit 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 793 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A1Q15459 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
SF3A1Q15459 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
SF3A1Q15459 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SF3A1Q15459 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
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