Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP4Q13107 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP4Q13107 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP4Q13107 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
USP4Q13107 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP4Q13107 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP4Q13107 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
USP4Q13107 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP4Q13107 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP4Q13107 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP4Q13107 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP4Q13107 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP4Q13107 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP4Q13107 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP4Q13107 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP4Q13107 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP4Q13107 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP4Q13107 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP4Q13107 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP4Q13107 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP4Q13107 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP4Q13107 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP4Q13107 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP4Q13107 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms