Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SEMA3DO95025 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SEMA3DO95025 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SEMA3DO95025 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SEMA3DO95025 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.6 ms