Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 UBE2D2-206ENST00000510470 256 ntTSL 28.82□□□□□ -18e-7■■■■■ 99.2
SF3B1O75533 HTT-208ENST00000510626 14438 ntTSL 1 (best)8.7□□□□□ -1.022e-7■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 AGAP3-221ENST00000490097 604 ntTSL 416.28■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 ASXL2-201ENST00000336112 8889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.78□□□□□ -12e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 ASXL2-203ENST00000435504 12878 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC6.25□□□□□ -1.412e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 CLIP1-211ENST00000539080 560 ntTSL 420.82■□□□□ 0.922e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.895e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.885e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.125e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 PITPNB-204ENST00000436663 590 ntTSL 214.79□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 PITPNB-201ENST00000320996 2826 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.96□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 PITPNB-203ENST00000415296 884 ntTSL 311.94□□□□□ -0.55e-6■■■■■ 99.1
SF3B1O75533 MED24-219ENST00000578901 728 ntTSL 1 (best)9.11□□□□□ -0.956e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 PAIP1-207ENST00000511321 706 ntTSL 57.63□□□□□ -1.198e-7■■■■■ 99
SF3B1O75533 ASH1L-201ENST00000368346 11942 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC9.82□□□□□ -0.846e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 ASH1L-202ENST00000392403 10979 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC8.13□□□□□ -1.116e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 DVL1-206ENST00000632445 785 ntTSL 527.56■■■□□ 22e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.232e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.212e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 TBC1D9B-219ENST00000524222 927 ntTSL 511.55□□□□□ -0.562e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 SATB2-203ENST00000428695 2135 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.543e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 SATB2-202ENST00000417098 5730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.283e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.275e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.23e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.033e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 SATB2-211ENST00000614512 4972 ntTSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.183e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 SATB2-201ENST00000260926 5318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.233e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.37e-6■■■■■ 99
SF3B1O75533 MAN2B2-202ENST00000504248 2968 ntTSL 2 BASIC14.59□□□□□ -0.077e-6■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 MAN2B2-201ENST00000285599 5143 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.97□□□□□ -0.337e-6■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 RPL6-211ENST00000552455 781 ntTSL 212.88□□□□□ -0.353e-8■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 MAN2B2-204ENST00000505907 7719 ntAPPRIS ALT2 TSL 211.78□□□□□ -0.527e-6■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 RPL6-209ENST00000551041 1082 ntTSL 211.68□□□□□ -0.543e-8■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 RPL6-203ENST00000546368 2008 ntTSL 59.52□□□□□ -0.883e-8■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 RPL6-207ENST00000550238 338 ntTSL 57.14□□□□□ -1.273e-8■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 RPL6-202ENST00000424576 1074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.03□□□□□ -1.283e-8■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 RPL6-201ENST00000202773 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.63□□□□□ -1.353e-8■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 TGFB1-204ENST00000600196 399 ntTSL 513.21□□□□□ -0.294e-7■■■■■ 98.9
SF3B1O75533 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.862e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 AGAP3-205ENST00000463381 2730 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.282e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 AGAP3-226ENST00000622464 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.282e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 ANP32A-208ENST00000495420 707 ntTSL 219.08■□□□□ 0.652e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 STRN3-207ENST00000555358 2208 ntTSL 1 (best)24.12■■□□□ 1.455e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -05e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 IKBKB-207ENST00000517917 1731 ntTSL 215.35■□□□□ 0.055e-6■■■■■ 98.8
SF3B1O75533 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.674e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 ADAM10-203ENST00000402627 861 ntTSL 1 (best) BASIC10.99□□□□□ -0.654e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 ADAM10-201ENST00000260408 11431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.794e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.79■□□□□ 0.763e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 EHBP1-201ENST00000263991 5165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.843e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 EHBP1-203ENST00000405289 3591 ntTSL 1 (best) BASIC7.61□□□□□ -1.193e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 EHBP1-202ENST00000405015 4108 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC5.09□□□□□ -1.63e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-207ENST00000434641 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 519.14■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-212ENST00000467751 2099 ntTSL 219.1■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.585e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.55e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-203ENST00000379325 2010 ntTSL 217.15■□□□□ 0.345e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-211ENST00000465822 1933 ntTSL 216.53■□□□□ 0.245e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.165e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.055e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 C1orf159-216ENST00000477196 3214 ntTSL 214□□□□□ -0.175e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 CHERP-203ENST00000546361 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.454e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 CHERP-201ENST00000198939 4084 ntTSL 5 BASIC10.52□□□□□ -0.734e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 SUN2-201ENST00000405018 4022 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.233e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 SUN2-202ENST00000405510 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.91□□□□□ -0.343e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 FAM13A-201ENST00000264344 5858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC8.62□□□□□ -1.033e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 FAM13A-218ENST00000511976 3579 ntTSL 1 (best) BASIC8.28□□□□□ -1.083e-6■■■■■ 98.7
SF3B1O75533 GNB1-203ENST00000437146 423 ntTSL 34.57□□□□□ -1.682e-6■■■■■ 98.6
SF3B1O75533 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.186e-6■■■■■ 98.6
SF3B1O75533 EEFSEC-204ENST00000484438 640 ntTSL 317.69■□□□□ 0.426e-6■■■■■ 98.6
SF3B1O75533 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.376e-6■■■■■ 98.6
SF3B1O75533 AC023055.1-201ENST00000546837 1807 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC8.46□□□□□ -1.051e-6■■■■■ 98.6
SF3B1O75533 XACT-201ENST00000468762 497 ntTSL 5 BASIC3.52□□□□□ -1.852e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 VWA8-203ENST00000379310 7147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.72□□□□□ -0.372e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 ERMAP-202ENST00000372514 3369 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.58□□□□□ -0.881e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 ERMAP-205ENST00000487556 2988 ntTSL 59.28□□□□□ -0.921e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 ERMAP-203ENST00000372517 3423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC9.13□□□□□ -0.951e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 ERMAP-201ENST00000328249 3949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.981e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 HDAC8-203ENST00000373559 632 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 HDAC8-204ENST00000373560 819 ntTSL 3 BASIC13.71□□□□□ -0.212e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC32.25■■■□□ 2.754e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.54e-6■■■■■ 98.5
SF3B1O75533 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.136e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 CLK4-201ENST00000316308 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 05e-7■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 CLK4-210ENST00000522136 1955 ntTSL 1 (best)14.26□□□□□ -0.135e-7■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 CLK4-215ENST00000611733 2182 ntTSL 5 BASIC12.89□□□□□ -0.355e-7■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 CLK4-206ENST00000520878 3722 ntTSL 1 (best)11.54□□□□□ -0.565e-7■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 CLK4-209ENST00000521621 2780 ntTSL 1 (best)10.31□□□□□ -0.765e-7■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 CLK4-203ENST00000519583 3462 ntTSL 1 (best)8.39□□□□□ -1.075e-7■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 CLK4-214ENST00000611575 1206 ntTSL 1 (best) BASIC7.86□□□□□ -1.155e-7■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.52e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC16.31■□□□□ 0.22e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SLC22A23-212ENST00000497691 2555 ntTSL 1 (best)15.73■□□□□ 0.112e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SLC22A23-202ENST00000380302 2883 ntTSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.142e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SRPK2-211ENST00000482862 329 ntTSL 523.39■■□□□ 1.343e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SRPK2-206ENST00000465112 568 ntTSL 315.79■□□□□ 0.123e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 SRPK2-204ENST00000462282 505 ntTSL 313.45□□□□□ -0.263e-6■■■■■ 98.4
SF3B1O75533 AC074091.1-201ENST00000505973 1741 ntTSL 2 BASIC12.66□□□□□ -0.381e-6■■■■■ 98.3
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1195 ms