Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 RAB9A-203ENST00000618931 737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 GPD2-208ENST00000438166 2457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 MBD1-209ENST00000398495 2178 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ALAS2-201ENST00000330807 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SLC30A5-202ENST00000396591 4360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 NLRX1-202ENST00000409109 4092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 MAX-204ENST00000358402 1973 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 VAT1-201ENST00000355653 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PTBP1-203ENST00000356948 3598 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TCP10-210ENST00000617120 2182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SYTL3-205ENST00000611299 2896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LIMA1Q9UHB6 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.5 ms